האופרה האחרונה בחייו של מוצרט היא "חליל הקסם". בעוד הוא מת חסר-כל, זוכה האופרה להצלחה ומכניסה כסף רב לעמיתו, כותב הליבְּרית. זוהי אופרה גרמנית באופיה, שמעבר לתמימות שבליברית שלה יש בה סמלים רבים שרק חברים בתנועת "הבונים החופשיים"‏ יוכלו להבינם. זוהי אופרה מלאת רגש, הומור וחוכמה שגֶתֶה התפעל ממנה כל כך, עד שהציע לכתוב לה חלק שני (אופרת המשך).‏

הסיפור מתחיל כשמשרתותיה של מלכת הלילה מצילות את חייו של טאמינו.‏ הוא מתוודע לפאפאגֶנו, חלילן הלוכד ציפורים בשביל מלכת הלילה, תמורת מזון ושתיה. המלכה שוכרת את טאמינו,‏ כדי שיציל את בִּתה, פאמינה, מידי סַרָסְטְרו הרע,‏ הכוהן של איזיס ואוזיריס. היא מבטיחה שאם יצליח להציל את פאמינה, יקבלה לאשה. הוא מקבל חליל קסם מהמשרתות ופאפאגנו מצורף אליו למשימה.‏

במקדש ההגיון והחוכמה מתוודע טאמינו הנסיך לסאראסטרו הכהן ומגלה שהוא אדם חכם ואציל, בניגוד לתיאוריה של מלכת הלילה. טאמינו שומע את פאפאגנו מקסים את החיות בחלילו הקסום. פאמינה, המנסה לברוח, נתפסת ומתחננת על נפשה לפני סאראסטרו. געגועים לאימה והצקותיו של מונוסטאטוֹס (עוזרו של סאראסטרו) הם שגרמו לה לברוח, היא אומרת.‏ סאראסטרו מזהירה שרק רע יצא לה מאימה, מלכת הלילה.‏ מונוסטאטוס נכנס עם טאמינו השבוי ופאמינה וטאמינו מתאהבים במבט ראשון.‏ סאראסטרו נוזף במונוסטאטוס ודורש שטאמינו ופאפאגנו יוכנו למשפט הטוהר שעליהם לעבור, לפני שישיגו את מטרתם.‏

טאמינו ופאפאגנו עוברים שרשרת נסיונות ומבחנים ובמהלכם חושבת פאמינה שטאמינו אינו אוהב אותה ופאפאגנו זוכה בנערה (פאפאגֶנַה) משלו.‏ לבסוף, זוכה גם טאמינו באהובתו לאחר שהם עוברים במערת אש ומים בזכות מנגינת חלילו. מלכת הלילה ועוזריה מנסים להוציא את פאמינה מהארמון. יחד עימם נמצא גם מונוסטאטוס, לו הבטיחה מלכת הלילה את ידה של ביתה. אך סערת ברקים ורעמים מכה בהם והאדמה נפתחת ובולעת את הזוממים. בתוך המקדש מודים כולם לאלים על עזרתם ועל אושרם.‏‏